변하는것.. 변하지 않는것..

쉘변경 : $ ldapchsh  (/applic/shell 서 선택)

컴파일러                   /applic/compilers PGI CDK 7.1 Intel Compiler 10.1 gcc 3.4.6.9
MPI 라이브러리         /applic/mpi MVAPICH 1.0 OpenMPI 1.2.5
수학 라이브러리         /applic/lib.{compiler} ATLAS BLAS BLACS FFTW GotoBLAS LAPACK Scalapack
분 야별 응용소프트웨어 /applic/Applications 「http://www.ksc.re.kr」보유자원-S/W정보 참조

1. 작업 확인 및 제어

• 작업 제출 qsub job_script

• 큐 구성 showq

• 노드 모니터링 showhost작업 삭제

• 모든 사용자 큐 확인 : $ qstat -u '*' (모든 사용자)

• 큐 상세정보 : $ qstat -f
• 기다리는 큐 정보 표시
    $ qstat -j job_id
    $ qalter -w v job_id
• $ qdel <jobid> 해당 <jobid>를 가지는 작업 삭제
• $ qdel -u <username> <username>의 모든 작업 삭제

※ job script 예제 : /applic/shell/job_examples/job_script 디렉터리에서 복사

큐이름	Wall Clock Limit (시간)	작업 실행 노드	작업별 CPU수	Priority	SU Charge Rate	비 고
normal	48	tachyon001-188	17-1536	normal	1
long	168	tachyon001-188	1-128	Low	1	Long running 작업
strategy	TBD	tachyon001-188	32-3008	High	1	Grand Challenge 작업

Option	Result
no option	명령을 실행한 사용자 job의 상세 list를 보여줌
-f	명령을 실행한 사용자에 대한 queue와 job의 상세 리스트를 보여줌
-u user_id	명시한 user_id에 대한 상태를 보여줌. ?u "*"는 전체 사용자의 상태를 보여줌. 주로 ?f 옵션과 함께 쓰임.
-r	Job의 resource requirement를 display
-ext	Job의 Extended information을 display
-j <iobid>	Pending/running job에 대한 information을 보여줌
-t	Job의 subtask에 대한 추가 정보 display

• 작업 디렉토리

        홈 디렉터리                   /home01                        구좌 당 6GB -
        스크래치 디렉터리          /work01 /work02             사용자 당 1TB 4일 이상 액세스 하지 않은 파일
        애플리케이션 디렉터리   /applic - -




   2. 작업 제출

•  job 실행 환경 선택 : $ select-mpi-bash [mvapich｜openmpi] [pgi｜intel｜gnu]

• # of CPU         
     #$ -pe mpi_fu {Total_MPI_task(CPU)}

         #$ -pe mpi_fu 32

※ 작업 스크립트 옵션 리스트

옵션 Argument 기 능 -q queue_name 작업을 수행할 queue 명시 -pe pe_name min_proc[-max_proc] Parallel Environment를 선택하고, min_proc-max_proc 개수만큼의 병렬 process를 수행 ● mpi_rr : 라운드 로빈 방식으로 노드의 CPU 할당 ● mpi_fu : 각 노드의 비어있는 CPU를 꽉 채워서 할당 ● mpi_[1-16]cpu : 정해진(범위 : 1-16) 숫자 만큼 노드의 CPU 할당 ※ mpi의 종류[mvapich,openmpi]는 select-mpi-[bash,csh,ksh] 스크립트로 미리 선택함. -N job_name Job의 이름을 정해줌 -S shell (absolute path) Batch 작업의 shell을 지정. 미 지정 시 SGE가 지정한 shell로 수행(/bin/bash) -M Email address 사용자의 email address를 명시 -m {b|e|a|s|n} 언제 email notification을 보낼 지 명시 ● b: Mail is sent at the beginning of the job. ● e: Mail is sent at the end of the job. ● a: Mail is sent when the job is aborted or rescheduled ● s: Mail is sent when the job is suspended. ● n: No mail is sent. (default) -V   사용자의 현재 shell의 모든 환경변수가 qsub시에 job에 적용되도록 함 -cmd   현재 디렉터리를 job의 working directory로 사용.(default) -o output_file Job의 stdout 결과를 output_file 로 저장 -e error_file Job의 stderr 결과를 error_file 로 저장 -l resource=value Resource limit을 지정 ● h_rt : 작업경과 예상시간 (hh:mm:ss) (wall clock time) ● normal : normal 큐에 작업 제출 시 Job이 높은 우선순위를 얻기 위해 반드시 명시 ( -l normal 혹은 -l normal=TRUE ) ● strategy : strategy 큐에 작업 제출 시 작업이 높은 우선순위를 얻기 위해 반드시 명시 ( -l strategy 혹은 -l strategy=TRUE ) ● OMP_NUM_THREADS : MPI 타스크 당 쓰레드 수를 의미하며, hybrid[MPI+OpenMP] 병렬 작업 실행 시 반드시 명기 (-l OMP_NUM_THREADS=[MPI 타스크 당 OpenMP 쓰레드 수]) ※ normal, strategy 큐를 제외한 다른 큐는 -l 옵션으로 기본 priority이기 때문에 큐 이름을 명시할 필요 없음. 추후 변경 시 공지 예정

ex1)

  #!/bin/bash
  #$ -V                # 작업 제출 노드의 쉘 환경변수를 컴퓨팅 노드에도 적용 (default)
  #$ -cwd               # 현재 디렉터리를 작업 디렉터리로 사용
  #$ -N mpi_job        # Job Name, 명시하지 않으면 job_script 이름을 가져옴
  #$ -pe mpi_fu 32       # selec-bash-mpi에서 선택한 mvapich로 실행되며 각 노드의 가용 cpu를
                        # 모두 채워서(fu : fill_up) 총 32개의 MPI task가 실행됨.
  #$ -q normal          # 큐 이름(17개 이상의 CPU를 사용하는 경우에는 normal 큐를
                        # 16개 이하 CPU를 사용하는 경우 small or long 큐 사용)
  #$ -R yes             # Resource Reservation
  #$ -wd /work01/<user01> /mvapich   # 작업 디렉터리를 설정. 현재 디렉토리(PWD)가
                                       # /work01/<user01> /mvapich가 아닌 경우 사용,
                                      # 그렇지 않으면 cwd로 충분함
  #$ -l h_rt=01:00:00          # 작업 경과 시간 (hh:mm:ss) (wall clock time), 누락 시 작업 강제 종료
  #$ -l normal               # normal queue에 job실행 시 다른 queue보다 높은 priority를
                            # 얻기 위해 반드시 명시, 누락 시 작업 강제 종료
  #$ -M myEmailAddress     # 작업 관련 메일을 보낼 사용자 메일 주소
  #$ -m e                  # 작업 종료 시에 메일을 보냄    
  mpirun  -machinefile  $TMPDIR/machines  -np  $NSLOTS  ./mpi.exe


ex2)

  #!/bin/bash
  #$ -V                
  #$ -cwd              
  #$ -N mpi_mem_job    
  #$ -pe mpi_16cpu  32  
  #$ -q small          
  #$ -R yes            
  #$ -l h_rt=01:00:00
  #$ -l normal        
  #$ -M myEmailAddress    
  #$ -m e
               
  #unset existing MPI affinities
  export MV2_USE_AFFINITY=0
  export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
  export VIADEV_USE_AFFINITY=0
  export VIADEV_ENABLE_AFFINITY=0
  mpirun  -np  $NSLOTS  -machinefile  $TMPDIR/machines   ./numa.sh          
  # 사용자 프로그램이 아니라 아래와 같은 numa관련 shell script를 제출한다.