VASP installation for Intel machince

[FORTRAN] allocatable

유동배열설정을 가능하게 해준다.
예를들어 PROCAR file로부터 읽어들인 원자의 개수, kpoint, band의 숫자로부터 유동적으로 배열의 크기를 정할수 있게 만들어준다.

변수선언 : variable_type, allocatable :: x(:,:), y(:,:)
변수지정 : allocaate ( x(10,20), y(30,40) )


2008/09/01 14:55 2008/09/01 14:55

VASP와 XCRySDen


멋지다. 
CONTCAR, POSCAR, CHGCAR 등의 파일을 XCRySDen에서 인식하게 끔 바꿔주는 프로그램이다.
CONTCAR의 경우 표면에 대해서는 잘 변환해주지 못하는 것 같지만
(위 경우 전에 만들어 두었던 프로그램이 더 잘 돌아가는거 같다.
물론 일반적인 경우에 까지 돌아가진 않지만 -0-;)

하지만 CHGCAR를 이용해서 isosurface를 한 방에 그려주는 건 정말 감동이였다 ㅠㅠ

2006/07/21 17:58 2006/07/21 17:58

고급 Bash 스크립팅 가이드

Python

MPI 및 Fortran

2006/03/22 00:19 2006/03/22 00:19

GNUPLOT Tips

2006/03/22 00:16 2006/03/22 00:16

XCrySDen




    분자 구조나 고체 결정 구조를 그릴때 정말 유용한 프로그램이다.
   고체 물리 공부 할 때 이 프로그램을 사용 할 줄 알았더라면 정말 쉽게 공부 했을텐데...
   프로그램은 공개되어 있지만,  unix를 아주 조금은 다룰줄 알아야지 사용법을 배울수 있다.
   윈도우에서는 바로 실행할 수 없고, cygwin을 통해서 연결해야 하기 때문에...
   물론 리눅스를 사용하고 있다면 바로 실행 할 수 있다.

                     
   프로그램을 사용하면서 다시한번 느낀거지만,
   배우는데 있어서 시각적인 것들이 가장 강열하게 와닫는거 같다.
  


━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

cygwin 설치시 필수 항목
You do not have Tcl/Tk package installed on your Cygwin. It is required
by xcrysden. Here is a list of packagaes that are needed by xcrysden
(most likely I miss to name a few):

bash, bc, gawk, grep, gzip, less, more, opengl, tcltk, coreutils

Best regards, Tone
출처 : http://www.democritos.it/pipermail/xcrysden/2006-March/000255.html


━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

방컴에 cygwin 설치했더니 ls, vi 등 명령어가 먹히지 않아서 해결책을 찾아봤다.
원인은 설치시 유저의 아이디(내 문서의 유저이름)가 한글로 설정되어있을 경우 홈디렉토리가 제대로 인식을 못해서 발생하는거 같다. (확실치는 않음)
이럴경우

PATH="c:/usr/bin/:bin/"
export PATH

를 입력하면 ls, vi 등의 명령어가 먹히기 시작한다.

매번 타이핑이 귀찮으면  "내 컴퓨터" -> "속성" -> "고급" -> "환경변수"
의 PATH 에 c:/bin 을 추가시켜주면 된다. ( 하나 이상의 PATH 가 지정되어 있을경우 ' ; '  를 사용하여 추가하면된다 )

http://thehacklist.blogspot.com/2009/0 ··· und.html

그리고 홈 디렉토리 변경은 /etc/passwd 에서 할 수 있다.
2006/01/26 03:54 2006/01/26 03:54

VI 레퍼런스 미니 가이드

                  ####################################  
########## VI 초보 가이드 ##########
####################################

글쓴이: 유형목(embryo@nownuri.net)

0. 들어가기 전에
유닉스를 처음 쓰는 사람들이 제일 곤혹스러워 하는 것이 무엇일까?
그것은 바로 "편집기" 일것이다.

편집기의 대명사로 일컬어지는 VI 와 Emacs ..


그중에서도 정통파로 일컬어지는 VI 편집기, 그러나 도스, 윈도우를 쓰던 사용자
들에겐 아주 고약스러운 물건이 아닐수 없다.

사용방법이 전혀 낯선것은 물론이요, 매뉴얼이 있어도 개념없이 사용하게 되면
짜증만을 불러 일으키게 된다.

본인도 VI 를 익숙하게 쓸 수 있기까지 수개월이 걸렸다. VI 를 사용하다보면
-- 물론 Emacs 도 마찬가지지만..-- 이 자그마한 프로그램 하나에도 철학이 담겨져
있음을 느끼게 된다.

VI 의 단순한 사용방법을 익히는것이 아니라 그..철학을 느끼게 되는 순간..

생각하는 것보다 손가락이 먼저 움직이는 VI 매니아가 되어 있는 당신을 발견하게
될것이다. ^^


1. 미리 알아두어야 할것들
1.1 VI 명령어 모드 3 가지 ##

1) ESC 모드
2) 편집모드
3) 콜론모드(ex모드)

1.2 VI 명령어의 간단한 문법

(반복횟수)(편집명령)(반복횟수)(커서이동명령)

현재의 위치에서 커서 이동명령의 내용대로 문서의
임의위치로 이동하는 순간, 편집명령어의 내용이 수행된다.

1.3 ESC 모드에서 사용되는 몇가지 기호

G        :  화일의 맨끝
^        :  현재줄의 맨앞 (빈칸무시)
0        :  현재줄의 맨앞
$        :  현재줄의 맨뒤
%        :  짝을 이루는 기호 확인하기
w        :  다음 단어
b        :  이전 단어
e        :  현재 단어의 끝 글자

1.4 여러가지 특수한 기호들

.        :  한글자를 대표하는 기호 (dos 의 ? 와 동일)
*        :  여러개의 문자를 동시에 대표하는 기호
^        :  줄의 처음시작.
$        :  줄의 맨끝.
%        :  처음줄부터 끝줄까지
\        :  특수한 기호들이 가지는 뜻을 없앨때 사용.

[ ]      :  일정한 제한을 두어 글자를 대표하고자 하는 기호.
[a-z]    :  a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z 를 대표
[A-Z]    :  A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 를 대표
[AB]     :  A 또는 B
p[aeiou]t:  pat, pet, pit, pot, put 를 대표
[0-9]    :  0,1,2,3,4,5,6,7,8,9 를 대표


2. 커서 움직이기

2.1 글자 단위 이동

      위쪽으로
    
      \  k                              사선을 옆으로 그어 놓은 이유는 보통
       \                                 초보자들이 h, l 은 잘 구별하는 반면
왼쪽으로  h  \   l  오른쪽으로       k, j 를 항상 혼동하기 때문이다
         \
j \ 항상 h,j \ k,l 로 기억해두면 잊지않
                                           게 된다.
    아래쪽으로

2.2 줄 단위 이동

^       :   줄의 맨앞으로 (빈칸무시)
0       :   줄의 맨앞으로
$       :   줄의 맨뒤로
%       :   짝을 이루는 기호 확인하기

+       :   다음줄의 첫번째 글자로
-       :   윗줄의   첫번째 글자로

n|      :   현재줄의 n 번째 열로 (n은 임의의 숫자)

H       :   화면상에 처음줄로
M       :   화면상의 중간줄로
L       :   화면상의 마지막줄로

nH      :   화면상의 처음줄로부터 n 줄 밑으로
nL      :   화면상의 마지막줄로부터 n 줄 위로

G       :   맨 마지막줄로 (go)
nG      :   n 번째줄로
gg      :   맨 마지막줄로
ngg     :   n 번째줄로
:n      :   n 번째줄로

2.3 단어 단위 이동

w :   한단어 오른쪽으로 (word)
b :   한단어 왼쪽으로 (back)

e       :   현재 단어의 끝으로 이동 (end)
E       :   현재 단어의 끝으로 이동 (구두점 무시 - 영문자에 해당 - ? . !.)

)       :   다음 문장의 시작으로
(       :   이전 문장의 시작으로
}       :   다음 문단의 시작으로
{       :   이전 문단의 시작으로
]]      :   다음 섹션의 시작으로
[[      :   이전 섹션의 시작으로

2.4 화면단위 이동

Control - F(orward)   한화면   밑으로 이동.
Control - B(ackward)  한화면   위로   이동.
Control - D(own)      반쪽화면 밑으로 이동.
Control - U(pon)      반쪽화면 위로   이동.

Control - E           커서는 현재위치 그대로 화면만 한줄씩 위로   이동
Control - Y           커서는 현재위치 그대로 화면만 한줄씩 아래로 이동

z                     커서의 위치와 함께, 화면상의 맨위로
nz                    n번 라인을 화면상의 맨위로
z.                    커서의 위치와 함께, 화면상의 중간으로
z-                    커서의 위치와 함께, 화면상의 맨아래로

## Control - G        현재 편집문서의 정보 보여주기
## Control - L        화면 재표시 (글자가 깨졌을경우)
## Control - R(edraw) 화면 재표시 (글자가 깨졌을경우)


3. 편집하기

3.1  복사, 붙이기, 합치기

y       :   (Yank)    복사하기
       yy        한줄복사
       2yy       두줄복사
       nyy       n줄 복사 (n 은 임의의숫자)
       yw        한단어 복사
       y2w       두단어 복사
       y$        그줄 끝까지 복사
       y0(y^)    그줄 처음까지 복사
       yG        문서의 끝까지 복사
       Y         한줄복사 (yy 와 동일)

## 마지막 명령어의 반복 ##
.       :   마지막에 수행한 명령어를 반복한다.
       2.        명령어를 2번 반복한다.

p       :   (Put or Paste) 붙이기
       p         아래로(오른쪽으로) 붙이기
       2p        아래로(오른쪽으로) 두번 붙이기
       P         위로(왼쪽으로) 붙이기
       2P        위로(왼쪽으로) 두번 붙이기

J       :   (Join)    두줄 합치기
       J         현재줄을 윗줄에 붙이기 (두줄 합치기)
       3J        세줄합치기

3.2 지우기, 복구하기, 바꾸기

d       :   (Delete)  지우기
       dd        한줄지우기
       2dd       두줄지우기
       ndd       n줄지우기 (n 은 임의의숫자)
       dw        한단어 지우기
       d2w       두단어 지우기
       d$        그줄 끝까지 지우기
       d0(d^)    그줄 처음까지 지우기
       dG        문서 끝까지 지우기
       D         그줄 끝까지 지우기 (d$ 와 동일)

u       :   (Undo)    복구하기
       u         한번복구하기
       2u        두번복구하기

c       :   (Change)  바꾸기
       cc        한줄바꾸기
       2cc       두줄바꾸기
       ncc       여러줄 바꾸기 (n 은 임의의숫자)
       cw        한단어 바꾸기
       ce        한단어 바꾸기 (공백 제외)
       c2w       두단어 바꾸기
       c$        그줄 끝까지 바꾸기
       c0(c^)    문서 끝까지 바꾸기
       C         그줄 끝까지 바꾸기 (c$ 와 동일)

r       :   (Replace) 한글자 바꾸기
       r         한글자 바꾸기
       2r        두글자 바꾸기

## r 명령어는 insert 모드로 바뀌지 않는다. ##

R       :             바꾸면서 덮어 쓰기
s       :             한글자 지우고 insert 모드로 - cl 와 동일 -
S       :             한줄지우고 insert 모드로 - cc 와 동일 -
~       :             대문자 <-> 소문자 바꾸기 - 영문자에만 해당 -

## 지우기와 바꾸기의 차이점은 바꾸기 명령어 후에  ##
## vi 편집모드로 바뀐다.                          ##

4. 찾기

/pattern              pattern 이라는 단어 찾기 - 위에서 아래로
?scully               scully 라는 단어찾기 - 아래에서 위로

/       :             찾기반복 - 위에서 아래로
n       :             찾기반복 - 위에서 아래로

?        :             찾기반복 - 아래에서 위로
N       :             찾기반복 - 아래에서 위로

fx      :              현재줄에서 x문자 찾기 - x 는 한개의 글자 -
Fx     :              현재줄에서 반대방향으로 x문자 찾기 - x 는 한개의 글자 -
tx      :              현재줄에서 x문자를 찾아서 바로전에 커서놓기
Tx     :              현재줄에서 반대방향으로 x문자를 찾아서 바로후에 커서놓기

;       :             현재줄에서 한글자 찾기반복
'       :             현재줄에서 한글자 찾기반복 - 반대방향으로 -

## 찾기와 편집명령의 응용 ##

d/simple              simple 이라는 단어가 나올때까지 지우기
d/^scully             줄의 맨앞에 scully 라는 단어가 나올때까지 지우기
y/yahoo               yahoo 라는 단어가 나올때까지 복사하기

5. 편집모드 지정하기

i       :   insert    현재커서위치
       10i*      * 문자를 10개 집어넣기
       25i=-     =- 를 25개 반복하기
I        :             현재커서가 위치한 줄의 맨처음에
a       :   append    현재커서위치 바로 다음에
A       :             현재커서가 위치한 줄의 맨끝에
o       :   open      현재커서위치 바로 아래줄에
O       :   Open      현재커서위치 바로 윗줄에

6. 위치 기억하기

mx      :   mark      현재의 커서위치를 x 라는 문자로 기억         
`x      :             기억된 x 위치로 이동
``      :             이동하기 전의 위치로 (제자리)
'x      :             기억된 x 위치의 맨 앞으로 이동
''      :             이동하기 전 위치의 맨앞으로 이동

7. 버퍼 이용하기

"xyy    :             x 라는 이름의 버퍼에 한줄 복사 하기
"xp     :             x 라는 이름의 버퍼에 저장된 내용을 붙이기

## 잠시 쉬었다 가기 ##
:=                    현재 줄번호 보여주기
:/pattern/ =          pattern 이 위치한 줄번호 보여주기


8. ex 명령어 익히기

8.1 ex 명령어의 기본형식

:k,l command m
(범위지정) (명령어) (명령이 수행될 위치)
----------------------------------------

예)

:1,10 co 50           1 줄 부터 10 줄 까지를 50 줄 이후로 복사.
:34,50 d              34 줄 부터 50 줄 까지 삭제.
:100,150 m 10         100 줄 부터 150 줄까지를 10 줄 이후로 옮김.

:.,$ d                현재줄부터 끝까지 지우기
:.,+20 co -4          현재줄부터 20줄을, 4줄 위에 복사하기
:-,+ t 0              위, 아래로 한줄(총 3줄)씩을, 문서 맨위에 복사하기

:/pattern/ d          pattern 이 들어있는 줄 지우기
:/pattern/ -nd        pattern 이 들어있는 줄로부터 n 번째 윗줄 지우기
:/pattern/ +nd        pattern 이 들어있는 줄로부터 n 번째 아랫줄 지우기

:/pattern1/,/pattern2/ d
                 pattern1 이 들어있는 줄부터, pattern2 가 들어있는
                 줄까지 지우기

:.,/pattern/ m 23     현재줄부터 pattern 이 들어있는 줄까지, 23번줄 이후로
                 옮기기

8.2 g 옵션 붙이기

:g/pattern            화일전체에서 마지막으로 pattern 이 쓰여진 줄로 가기
:g/pattern/ p         화일전체에서 pattern 이 있는줄 보여주기
:g/pattern/ nu        화일전체에서 patterm 이 있는줄을 번호와 함께 보여주기

:60,124 g/pattern/ p  60,124 줄 사이에서 pattern 이 들어있는줄 보여주기

8.3 저장 및 종료하기

:w                    저장하기 (write) :q                    종료하기 (quit)
:wq                   저장하고 종료하기
:x                    저장하고 종료하기 (:wq 와 동일)

:w!                   강제로 저장하기 (read-only 로 열었을경우)
:q!                   편집한 내용을 저장하지 않고 종료하기

:w new_file_name      새로운 파일이름으로 저장하기
:w %.new              현재화일 이름에 .new 를 붙여서 새로운 화일로 저장.

:230,$ w file_name    230 줄부터 끝줄까지 file_name 으로 저장하기
:.,600 w file_name    현재줄부터 600줄까지 file_name 으로 저장하기

:1,10 w new_file      1줄부터 10줄까지 new_file 로 저장하기
:340,$ w >> new_file  340줄부터 끝줄까지 new_file 에 추가하기

8.4 읽기

:r[ead] filename      현재위치에 filename 읽어들이기
:r /usr/local/data    현재위치에 /usr/local/data 읽어들이기

:185 r /usr/local/data
                 185줄 이후에 /usr/local/data 읽어들이기
:$ r /usr/local/data  맨끝줄 이후에 /usr/local/data 읽어들이기
:0 r /usr/local/data  맨윗줄에 /usr/local/data 읽어들이기

:/pattern/ r /usr/local/data
                 pattern 이 존재하는 줄에 /usr/local/data 읽어들이기

8.5  다중편집하기

vi file1 file2 file3

:args                 편집중인 화일목록 보여주기
:n[ext]               다음 화일로 넘어가기
:prev[ious]           이전화일로 돌아가기

## 편집중인 화일이 저장되지 않으면 다음 화일로 넘어갈수 없다. ##

새로운 화일 편집하기

:e[dit] file_name     새로운 file_name 편집하기.             
:e!                   현재의 편집중인 내용을 무시하고 가장 최근에
                 편집한 내용을 다시편집하기

8.6 g 옵션과 바꾸기

:m,n s/old/new/g     
:g/pattern/ s/old/new/g
-------------------------

:1,30 s/his/the/gc    1 줄부터 30 줄까지 his 를 the 로 바꾸면서 확인하기.

:g/BX/ s/Esc/ESC/g    BX가 있는줄만 찾아서 Esc 를 ESC 로 바꾸기.

:% s/editer/editor/g  처음줄부터 마지막줄까지, editer 를 editor 로 바꾸기

:g/editer/ s//editor/g
                 위와 동일("s/" 다음에 인자가 없어서 윗줄과 같은효과
2006/01/13 20:42 2006/01/13 20:42